Orfano di madre a 8 anni, fu portato dal padre a Milano presso una zia, ma l'infanzia senza controllo lo portò all'Istituto Marchiondi, un ospizio per ragazzi difficili, finché nel 1873 il fratellastro lo prese con sé come apprendista fotografo a Borgo Valsugana (Tn). Tornato a Milano nel '75, frequentò l'Accademia di Brera e cominciò ad essere apprezzato come pittore, stringendo un rapporto di amicizia e di lavoro col gallerista Vittore Grubicy. Mise su famiglia e si trasferì in Brianza, interessandosi alle diverse correnti pittoriche del secondo Ottocento, dal Realismo al Divisionismo al Simbolismo. Trovò la realizzazione del suo ideale pittorico immergendosi nella natura alpina dei Grigioni (CH), prima a Savognino poi a Maloja e Soglio, una natura che acquistava sempre più una significazione simbolica. Morì, forse per un attacco di peritonite, allo Schafberg, il monte che sovrasta Pontresina, mentre stava lavorando al Trittico della montagna.

"Questa statua dello scultore Paolo Troubetzkoy, che come si vede è in stato di assoluto abbandono, si trova all’ingresso dell’ex-Istituto Marchiondi, altrettanto degradato anche se viene considerato una delle più significative opere di architettura di metà '900 (arch. Vittoriano Viganò). L’Istituto Marchiondi, che prima della guerra e dei bombardamenti era in via Quadronno, era nato per dare ospitalità ed istruzione a ragazzi orfani e sbandati; Segantini ne era stato allievo dal dicembre1870 al gennaio 1873" (Piero Cocconi).