Medico, matematico e poeta, insegnò logica nell'università di Padova. Scrisse il poema latino Syphilis sive de morbo gallico (1530), in cui si narra di un giovane e bel pastore che, avendo offeso Apollo, viene punito con una terribile malattia ulcerosa. La sifilide, malattia venerea allora di recente diffusione, prese il nome proprio da questo poemetto. Fu tra i primi a ritenere che le malattie epidemiche fossero trasmesse da una sorta di entità seminali che propagavano il contagio (De contagione et contagiosis morbis, 1546).

Copia della targa (che ricorda la visita dell'imperatore Carlo V) è esposta all'esterno di villa Fracastoro ad Incaffi (comune di Affi): questa milanese sembra l'originale, per l'aspetto più antico; probabilmente un vecchio proprietario di villa Fracastoro ad Incaffi si è portato via la targa come cimelio prima di cedere la proprietà.
La tomba dello scienziato è in S.Eufemia a Verona.