Con l'avvento del Nazionalsocialismo in Germania e le sempre più frequenti manifestazioni di antisemitismo la sua famiglia si trasferì ad Amsterdam, dove Anne giunse nel 1934. Con lo scoppio della II Guerra Mondiale e l'invasione tedesca dell'Olanda (10/5/1940) pure questo spazio di sopravvivenza divenne precario; le leggi razziali si estesero anche ai territori occupati dalla Wehrmacht. Dal 1942 Anne cominciò a scrivere in olandese il suo diario della nuova vita da reclusa, nascosta in casa per evitare la deportazione. Due anni di questa esperienza sono stati raccontati nel diario; il 4/8/1944 in seguito ad una spiata ci fu l'arresto e infine la deportazione ad Auschwitz e poi Bergen-Belsen, dove Anne morì di tifo. Il manoscritto del diario si salvò e il padre Otto, superstite dai lager, ne fece una prima pubblicazione, incompleta, nel 1947; l'edizione critica, definitiva, comparve nel 1986.