Il seminario, sul Sacro Monte di Arona, dove si erge la gigantesca statua di S.Carlo, fu voluto nel 1617 dal cardinale Federico Borromeo, a celebrazione del cugino Carlo; fu completato nel 1643. Caduto in abbandono, nell'Ottocento il ricco mercante Bartolomeo Pertossi lo donò alla diocesi di Novara, cui era passata l'arcipretura di Arona dal 1817. Nel 1820 il cardinale Morozzo della Rocca, arcivescovo di Novara, lo riattivò come seminario diocesano. Nel Novecento divenne sede di un Istituto scolastico.