Allo scoppio della II Guerra d'Indipendenza l'Austria raccolse le sue truppe per schierarle contro l'attacco dei francesi e dei piemontesi (che il 24 giugno 1859 vinsero a Solferino e S.Martino). I bolognesi quindi ebbero buon gioco a rivendicare la loro indipendenza dallo Stato Pontificio, ormai privo del supporto della guarnigione imperiale, e a costituire un governo provvisorio; il passo successivo fu l'annessione al Regno d'Italia.